Старинное село Чёлмужи расположено на восточном берегу Повенецкого залива Онежского озера, в Заонежье. Украшением села является церковь Богоявления, которая уже более четырех столетий возвышается на берегу и издалека просматривается с водных просторов озера.
Церковь пережила пять строительных периодов. В 1577 году был построен клетский храм, на что указывает дата на деревянном кресте, расположенном в храме. В дальнейшем, на судьбу церкви повлияли события, связанные с царской династией Романовых. По преданию, в 1605 году церковь была перестроена на пожертвования княгини Ксении Ивановны Романовой при освобождении из заточения (в постриге - инокини Марфы) – матери будущего царя Михаила. Ранее в Богоявленской церкви располагалась родовая икона дома Романовых – икона Божьей Матери, пожертвованная храму царем Михаилом Федоровичем Романовым.
В конце XVIII века постройку реконструировали: надстроили трапезную, над сенями поставили шатровую колокольню-звонницу, растесали оконные и дверные проемы. Вход перенесли с западного торца на северную сторону сеней, а на месте прежнего крыльца сделали галерейку. Тогда же в трапезной, отапливаемой печами, был устроен второй придел. После этого в церкви долгое время не проводилось серьезных ремонтных работ. Лишь в 1844 году ее сруб был обшит тесом.
Связь строительной истории Богоявленской церкви с именем Марфы Романовой оказала влияние на то, что к трехсотлетию дома Романовых, в начале ХХ века, были выполнены ремонтные и реставрационные работы: сооружен фундамент, заменены сгнившие венцы трапезной и сеней, перебраны полы, отремонтированы все потолки и крыши, заново выполнена обшивка, восстановлено крыльцо.
Во время Великой Отечественной войны линия фронта проходила в непосредственной близости от села Чёлмужи. Так как церковь, возвышавшаяся над другими постройками села, служила ориентиром для артиллерии противника, было принято решение разобрать шатер и колокольню. После окончания войны в 1950-х годах церковь была восстановлена.
Богоявленская церковь является одной из старейших церквей Заонежья и представляет собой переходный тип культовых зданий от клетских к шатровым.